BungeeCord jest serwerem proxy - pośredniczy między graczem a serwerem docelowym.
W sytuacji którą opisałeś musisz mieć uruchomione 4 serwery:
BungeeCord - proxy
Spigot/Bukkit/itp. - lobby
jw. - serwer główny
jw. - serwer poboczny
No i teraz wszystko ogranicza się do konfiguracji, głownie po stronie bungee.
Po stronie pozostałych musisz jedynie zablokować wszystkie ip oprócz bungee