Dziwnie tworzysz ten plik, zrób to tak:
File file = new File("sciezka/plilk.yml");
if (!file.exists()) {
plugin.saveResource("plik.yml", false);
}
/plugin odnosi się do klasy głównej
po 2.
nie sprawdza się czy yaml.get() == null tylko czy yaml.contains()
po 3.
Wyświetlanie błędu może ale nie musi tak wyglądać, można po prostu użyć System.out.println lub loggera, jak wolisz.