Raz działa, a raz nie...

a co ejst dodawane do {misjon::*} ?

Nic nie opisałeś, dałeś tylko błąd... Skąd mamy wiedzieć co to {atarum.%player%} czy {misjon::%player%} i czego tak naprawdę potrzebujesz... 

// Nie rozumiem... {misjon::*} dla ::* jest na dole jako {misjon::%player%} a na górze już jako zmienna do czegoś innego. Proszę przybliż temat.

command /hasz:
    trigger:
        loop {misjon::*}:
            set {misjon::loop-value} to 1
            set {misjon::loop-index} to 1

O północy komenda podana wyżej zostaje aktywowana i po prostu {misjon::%player%} powinno być zmienione na 1.

Następnie, gdy gracz dołącza do gry zmienna zmienia się na 2 i w dalszej części skryptu losują mu się rzeczy związane z misją dzienną.

Wszystko powinno działać natomiast zmienna {misjon::%player%} czasami się zmienia na 1 a czasami nie i zostaje w niej zapisana cyfra 2.

on join:
    if {atarum.%player%} is 5:
        if {misjon::%player%} is 1:
            set {misjon::%player%} to 2

{atarum.%player%} - to jest zmienna sprawdzająca czy gracz wykonał poprzednie zadania, gdyż aby mieć dostęp do misji dziennych trzeba zrobić misje fabularne. To jest nie ważne.

command /hasz:
    trigger:
        loop {misjon::*}:
        set {misjon::loop-value} to 1
        set {misjon::loop-index} to 1

Spróbuj zmienić {misjon::loop-value} oraz {misjon::loop-index} na {misjon::%loop-value%} oraz {misjon::%loop-index%}, czyli:
 

command /hasz:
    trigger:
        loop {misjon::*}:
            set {misjon::%loop-value%} to 1
            set {misjon::%loop-index%} to 1

bo bez %% wyrażenie ustawia {misjon::loop-value} na 1, a nie {misjon::%player%}. Mam nadzieję, że zrozumiałeś  

Do zamknięcia...

Problem został rozwiązany.