Co najlepszej wybrać/Co jest lepiej zoptymalizowane?

1. PaperSpigot 2. HexaCord

Na Glowstone nie wszystkie pluginy działają. Weź TacoSpigot

Glowstone i Spigot to zupełnie dwie różne implementacje. Spigot jest forkiem, czyli "rozwinięciem" CraftBukkita, który ten w dużej mierze bazuje na kodzie serwera vanilli Mojangu. Wszystkie PaperSpigoty, TacoSpigoty i co tam jeszcze jest bazuje na Spigocie. Glowstone natomiast jest od zera napisanym silnikiem serwera w żaden sposób nie korzystającym z serwera Mojangu (więc nie ma i nie było z nim w związku z tym problemów prawnych).

To co chcesz wybrać to zależy od waszych potrzeb. Ja jednak preferowałbym czystego Spigota ze względu na szybkość aktualizacji, a samych dodatkowych ustawień kolejnych forków i tak bym nie skorzystał. PaperSpigot sam w sobie nie jest jakiś optymalniejszy. Dodaje natomiast dużo opcji serwera, które można wyłączyć, bo na naszym trybie gry będą nie potrzebne co doprowadzi do zwiększenia jego wydajności.

BungeeCord (którego z jakiegoś powodu nie ma liście), a LilyPad to też dwa różne proxy. BungeeCord został zapoczątkowany przez md5 i napisany w Javie, GoLilyPad to proxy pisane zupełnie z innej perspektywy i w Go (to taki język od Google). Wygląda też na to, że GoLilyPad został niestety porzucony, bo ostatni commit został wykonany w grudniu zeszłego roku. Wszystkie inne są forkami BungeeCorda. HexaCord to nawet nie wiadomo co dodaje ze względu na brak dokumentacji, a samo repozytorium jest forkiem pełnych merge z upstream. Mógł facet zrobić to normalnie na format-patch, żeby było czytelne i łatwe w rozwoju  Waterfall nie dodaje czegoś specjalnego, głównie to są jakieś pierdoły. Metrics, dodawanie/usuwanie serwerów w runtime (a getServers() jest przecież mutable!) - pełne patche masz tutaj. Travertine jest Waterfallem, ale z obsługą pakietów z 1.7.

Tutaj też wybierz znowu to co ci będzie pasować najlepiej do twoich potrzeb. Ja wybrałbym czystego BungeeCorda.