Spróbuj bez dodatków do Skripta, sam Skript.
Jeżeli to nie zadziała, sprawdź działanie skryptu bez wszystkich pluginów zbędnych do jego działania (niezbędne w nim są Essentials, Vault, Skript).
Niepotrzebnie również zrobiłeś te przyznawanie permisji, wykonywanie komendy i odbieranie jej. Mogłeś przecież po prostu wstawić dawanie skrzynki.
Zastąp linijki usuwające skrzynkę tym:
set player's tool to (item amount of player's tool - 1) of player's tool
We wszystkich 'on right click' po sprawdzaniu narzędzia gracza anuluj event.